U.C. 0068 - Tout en prononçant son discours pour déclarer l'indépendance de la République Autonome de Munzo de la Fédération de la Terre, Zeon Zum Deikun meurt subitement d'une crise cardiaque. Cela provoque des émeutes de masse dans la colonie contre la Fédération alors que Degwin Sodo Zabi, l'adjoint de Deikun, monte au pouvoir. Au milieu du chaos, les enfants de Deikun, Casval et Artesia, avec le chat Lucifer d'Artesia et Jimba Ral, le vieil ami de Deikun, s'embarquent à bord d'un cargo qui se dirige vers la Terre pour échapper au régime de Zabi.

Trois batailles ont déjà eu lieu, mais personne n'a encore pu s'emparer du Saint-Graal, la coupe qui permet de réaliser des miracles. Une quatrième guerre s'annonce.

Ohana se ha acostumbrado a vivir en la posada de aguas termales que dirige su abuela, el Kissuisou. Un día, la hija del hotel rival, Yuina, llega al Kissuisou para entrenarse y así convertirse en gerente por sus propios medios. Como Ohana vigila su entrenamiento, se encuentra "cierto objeto" en el almacén mientras limpia.

Trois années se sont écoulées depuis que Casval, Artesia et Jimba ont fui vers la Terre et se sont réfugiés dans le château de Don Teabolo, un aristocrate et un ami de confiance des Deikuns, en Andalousie, en Espagne; Teabolo adopte les enfants et les renomme respectivement Édouard et Sayla. Après que Jimba soit tué dans une attaque à l'assassinat par des mercenaires embauchés par Kycilia Zabi, le groupe Yashima, dont le président est un bon ami de Teabolo, propose de reloger Teabolo et ses enfants à Texas Colony à Side 5: Loum. À leur arrivée, les enfants rencontrent Char Aznable, qui ressemble étrangement à Édouard. La tragédie frappe les enfants quand ils reçoivent le mot que leur mère Astraia est morte. Après la mort de Lucifer, Édouard fait ses adieux à Sayla avant de se rendre à l'académie militaire de Loum. Pendant ce temps, Dozle Zabi invite Ramba Ral à participer à un projet de développement top secret qui changera le visage de l'armée de Zeon pour toujours.

Ohana Matsumae est une jeune fille de 16 ans qui vient de quitter Tokyo pour aller vivre avec sa grand-mère qu'elle ne connaît pas très bien.  Elle va devoir commencer à travailler dans une auberge thermale. Ce n'est pas la vie que Ohana aurait choisi mais elle ne renonce pas et essaie de profiter de sa nouvelle situation le plus possible.  De plus, elle se lie rapidement d'amitié avec les autres employés.  Pourtant, la jeune fille est toujours tiraillée par ces incertitudes sur son avenir.